章炳麟先生早期哲學思想具有唯物主義傾向，主要表現在《訄書》中，認為「精氣為物」，「其智慮非氣」，正確表達了物質和精神的關係；宣稱「若夫天與上帝，則未嘗有矣」，否定天命論說教。其思想又受佛教唯識宗和西方近代主觀唯心主義影響。隨舊民主主義革命失敗，思想上漸趨頹唐。在文學、歷史學、語言學等方面，均有成就。
鼓吹革命的詩文，影響很大，所著《新方言》、《文始》、《小學答問》，上探語源，下明流變，頗多創獲。著述除刊入《章氏叢書》、《續編》外，遺稿又刊入《章氏叢書三編》。