接X系列第六作分支后续作品，途中有一段历史： ZERO沉睡后X借玛萨精灵力量结束 Irregular 战争，精灵受到诅咒，ZERO身体被盗改装成OMEGA，拜鲁发动妖精战争，X等人制造ZERO复制身体载入其真正灵魂，两位英雄共同结束妖精战争后拜鲁和OMEGA被放逐出宇宙，X用身体封印黑暗精灵（即被诅咒的精灵），ZERO再次封印自己——沉睡100年。Z系列整体故事时间与X系列后期指令任务故事时间平行，同是22XX年。