某個夏日黃昏，在補習回來的路上，投銅板買果汁卻被自動販賣機吃錢的上条當麻又開始感慨自己的不幸，但這時他卻被「放電國中妹」御坂美琴給叫住。然而更讓上条驚訝的是，美琴居然還有一個長相一模一樣的妹妹！這三個人的相遇，卻也揭開了一件由超能力者所引發的殺戮慘劇事件序幕…