广大的海拉鲁各地出现了不明裂缝，并且引发将人与物体吞没的「神隐」现象。剑士林克也因遭到神隐而失去踪迹。幸存的塞尔达公主遇见了妖精「托力」，并从他那里得到不可思议的魔杖「托力之杖」。为了拯救人民与林克，塞尔达公主与托力携手踏上了海拉鲁巡回之旅。塞尔达公主可借由托力之杖的力量使出「复制」之力，以此复制海拉鲁中各式各样的物品。失去林克的海拉鲁世界，命运全掌握在塞尔达公主手中。