乡下的14岁少女艾丽卡，为了成为传说中的“乙HiME”，不远万里来到繁华的大都市，想要在风华王国的加尔德罗贝学院学习。
所谓“乙HiME“，是王权贵族们为了保护自己所招募的，通过建立契约而使用超能力的少女们的通称。这是每个少女都梦想的职业，艾丽卡也不例外。但加尔德罗贝学院的入学条件十分苛刻，艾丽卡对此无能为力。正当艾丽卡一筹莫展之际，她竟遇到被士兵追捕的风华王国公主真白公主！原来，真白厌倦王室无聊的生活，逃离了王宫。二人逃离追兵后，突然遭遇了奇怪生物的袭击，加尔德罗贝学院的预备生尼娜•王与学院中的乙HiME开始了公主营救行动。
不平凡的开端，艾丽卡通向乙HiME的道路，到底如何是好？