公元前424-423年的冬季，当伯拉西达袭击安菲玻里城的时候，他正指挥七条雅典战舰驻扎在塔索斯。驻守安菲玻里城的雅典将军攸克利求援于他，他驶往援救；他虽然打败了伯拉西达的军队，救了爱昂，但是他终于没有来得及挽救安菲玻里。安菲玻里的失陷，主要是由于攸克利的疏忽，但是他后来并没有受到处罚，而修昔底德却因此遭到放逐。修昔底德本人对于此事没有作任何辩护。马赛林那斯说，修昔底德是由克里昂的建议，以叛逆的罪名而被放逐的。当时是克里昂最有势力的时候，而且克里昂对安菲玻里的陷落十分愤恨，他提议放逐修昔底德是很有可能的。
从他被放逐到他回国这一段时期内他的生活，我们也完全不知道。唯一可靠的事实是公元前404年以后不久，他回到雅典了；这一点不但他自己的话可以证明，并且他的著作中有许多回国后修订的痕迹，例如他记载了公元前404年雅典及庇里犹斯的城墙的被拆毁，这只有他回到雅典后才可以做得到的。此外其他的事情都是由著作中推测得来的。他自己说到，在这段时期中，他有更多的闲暇来编写他的历史著作，他更有机会得到伯罗奔尼撒方面的消息。事实上也是这样的，自从他被放逐以后，他和雅典断绝了联系，他编写历史的材料主要来自伯罗奔尼撒。