対話不能の異性物ガウナに太陽系を滅ぼされた人類の一部は、巨大宇宙船シドニアによって逃げのびていた。エースパイロット・谷風長道の活躍もあり、ガウナの拠点「小シュガフ船オカリナ」を撃破したシドニアは、「大シュガフ船」の攻略を決意する。その作戦の一環として偵察の任についた科戸瀬イザナは、ガウナとの遭遇戦に突入。その絶対的な戦力差を打開し、イザナを救う。長道の駆る最新型「衛人」が戦場を翔ける!