対話不能の異生物・ガウナに太陽系を破壊された人類の一部は、巨大なる播種船・シドニアで繁殖しながらレム恒星系を目指し、宇宙を旅する。
シドニアの最下層で育った少年・谷風長道(たにかぜ ながて)は、衛人(モリト)操縦士訓練学校に入学。さまざまな少年兵たちとの関係に翻弄され、地上で初めて出会った少女・星白閑(ほしじろ しずか)と急速に親密さを増してゆく。
艦長の推挙により、歴史的名機である一七式衛人・継衛(ツグモリ)に搭乗し、ガウナと戦う!

新たなる「敵」は巨大な小惑星と融合したガウナ!! ガウナ本体貫通弾の完成により、戦争は一気に人類の勝利へと傾いたかに見えた。だが、そんな人類の前に現れたのは、播種船シドニアの大きささえ凌駕する巨大な小惑星。そして、一撃で一個小隊を葬り去る高知能型ガウナ紅天蛾だった。シドニア滅亡まで、あと三時間――!!