対話不能の異生物・ガウナに太陽系を破壊された人類の一部は、巨大なる播種船・シドニアで繁殖しながらレム恒星系を目指し、宇宙を旅する。
シドニアの最下層で育った少年・谷風長道（たにかぜ　ながて）は、衛人（モリト）操縦士訓練学校に入学。さまざまな少年兵たちとの関係に翻弄され、地上で初めて出会った少女・星白閑（ほしじろ　しずか）と急速に親密さを増してゆく。
艦長の推挙により、歴史的名機である一七式衛人・継衛（ツグモリ）に搭乗し、ガウナと戦う！
小惑星と融合してシドニアに向かってきたガウナ、そして高知能型ガウナ紅天蛾との戦いは、ついに決着へ！　多くの犠牲を出した戦いだったが、とりわけ、シドニア防衛の要である衛人隊の大半を失ったことが大きな問題となる。このタイミングで、兵器開発の一線から撤退したはずの岐神開発が不気味な動きを見せ始める。防衛にもシドニア内部にも不安が残る中、鳴り響くガウナ襲来警報。英雄となった長道には、新兵器が与えられた！