在「傷痕男」斯卡破壞了愛德華的機械鎧手和阿爾馮斯的軀體後，他們踏上了家鄉─利塞布爾來修復機械鎧。此時，一場無名火把國家中央圖書館給燒光了。有關“賢者之石”的資料，全都在那裡。兄弟兩又要重新踏上尋找的旅程……