六条壬晴是一個對周遭的人事物都漠不關心的中學生，可是他的體內卻隱藏著忍者的世界（也就是隱世）最強的秘術「森羅萬象」。為了奪取這種無與倫比的力量，源自伊賀忍者的「灰狼眾」全體出動，誓言要將壬晴帶回伊賀之里。
另一方面，壬晴的英語教師雲平‧帷‧杜蘭達與壬晴的同學虹一都是萬天之里的忍者，他們的任務就是保護壬晴的安全。一場「森羅萬象」的爭奪戰將各方忍者捲入其中，壬晴若想恢復獨善其身的生活，唯一的辦法就是成為隱王！於是他被迫走進隱世，迎向未知的挑戰！