自9·11以来，人类社会在堕落和灭亡的道路上高歌猛进。2013年，莫斯科、伦敦、上海、东京等国际大都会接连发生等级超越9·11的恐怖袭击事件，世界局势危在旦夕。圣火在东京一隅的少年岛村乔（宫野真守 饰），其真实身份是编号为009的人造人，他诞生的初衷便是保护世界和平。如今消除了往昔记忆的他再也无法独善其身，经过一系列的波折，终于和当年的伙伴们001伊凡·维斯基（玉川砂记子 配音）、002杰特·林格（小野大辅 配音）、003法兰索娃·阿尔达努（斋藤千和 配音）、004艾柏特·海因利希（大川透 配音）、005索罗门·索尼亚（丹泽晃之 配音）、006张张胡（增冈太郎 配音）、007葛雷特·布林顿（吉野裕行 配音）会面。拥有超人一般能力的他们，面临前所未有的挑战……
本片根据漫画家石之森章太郎的原作改编。