公元2067年，以银河系边境的星系为中心，丧失自我而狂暴化、极尽破坏之能事的“Var”症候群，正在逐渐扩大。察觉事态严重性的星间复合企业体，为了将这一症状镇静化，将少女们的“战术音乐组合Walküre”与执行共同作战的“Valkyrie部队”编成到一起。
另一方面，“风之王国”的被称作“空中骑士团”的“谜之Valkyrie部队”开始行动。在“原始文明的遗产”之谜的交错当中，超越星系的热切恋情与友情的物语开幕。
《超时空要塞》新作动画《超时空要塞Δ》制作的消息于2014年10月发表。2015年9月正式确定标题，同年10月29日举办了制作发表会，12月31日放送特别节目。