《文史资料存稿选编》的编排大体按照时经事纬的方法，以历史先后排序，按文稿内容分类，适当组合， 逐次编目。全书分为晚清·北洋（上、下）、东征北伐、十年内战、西安事变、抗日战争（上、下）、日伪政权、全面内战（上、中、下）、政府·政党、特工组织（上、下）、军事机构（上、下） 军事派系（上、下）、军政人物（上、下）、经济（上、下）、文化、教育、社会及目录汇编等共26册。