未知的年代，神给世人以天罚——第一次浩劫（First Impact），七日七夜的洪水中只有两个人乘诺亚方舟活了下来。 1999年，冬月与碇唯在京都大学相识。不久之后，六分仪源堂和冬月相识。当时源堂和唯已经在交往中。源堂一边接近唯，同时也一边接触她背后的组织Seele。 2000年9月13日，第二次浩劫（Second Impact）发生。在南极大陆上发生了一起给地球带来巨大浩劫的异变，造成海面水位上升、地轴扭曲。如同恐龙灭绝的传说，巨大的陨石撞击地球之后灰尘遮盖天空，造成全球性气温下降。经济崩坏、民族纷争、内战……，世界人口急速减少，只剩下原来的一半。南极，成为了宁静的残亡地域。人类，并未象恐龙那样灭绝，但复兴的工作，却无比严峻。