《大航海时代4威力加强版》（PK版）于2000年正式发行。此版本仅限于PC平台的Windows系统，而家用机上则没有同时发行相应的版本。PK版在原有的4个主角的基础上加入了3名新主角人物——亚伯拉罕·易文·伍丁、杏太郎·佐伯、蒂雅·瓦曼·恰斯卡。在剧情上，三名新主角的剧情发生时间稍早于通常版的4名主角，在新主角的剧情中，原有4名主角还未建立自己的势力，但会在剧情中出场，或成为新主角的航海伙伴。此外，在游戏性上，PK版追加了大量新的剧情事件、交易品、宝物、遗迹、港口、船只种类等。此外，在PK版中玩家可以自由接受各同业公会的委托，还加入了船只定制、交易品进价表示等新功能。