決闘に向かった土井先生が、行方不明に──！？
タソガレドキ忍者・諸泉尊奈門に挑まれた決闘に向かった後、消息を絶ってしまった土井先生―
尊奈門とその上司にあたる雑渡昆奈門から一連の事情を聞いた、
忍術学園の山田先生と六年生たちは土井先生の捜索に当たる。
一方、何も知らない一年は組では、
昆奈門・尊奈門が土井先生・山田先生の代わりに教壇に立つことに！！
異様な緊張感が走る授業にへとへとになりつつも、
いつも通りのん気に過ごす一年は組の忍たまたちだったが—
平穏な日常に忍び寄る白い闇─。その正体とは…？
果たして乱太郎、きり丸、しんべヱたちは、
忍術学園の日常を取り戻すことができるのか！？