《分殊科学哲学史》分为上、下两篇。上篇是以若干重要分支科学为反思对象的分支科学哲学史，所涉猎的分支史有：数学哲学史、物理学哲学史、生物学哲学史、系统科学哲学史、认知科学哲学史、社会科学哲学史；下篇是以一些特殊科学哲学问题为焦点的论争和思想演变史，所选取的问题史有：主题与研究进路的转换、科学精神与科学价值的历史辨析、从哲学化的科学到可接受的科学、建构主义的科学哲学建构方式、另类科学哲学的兴起与审度。