無敵の海獣として畏れられるレヴィアタンを狩りながら、命がけの航海を続けるジュールたち。が、ある夜、レヴィアタンの影とともに突然現れたマナという少女を助けて以来、ジュールたちの船に次々と不吉な出来事が降りかかる。レヴィアタンを神の化身とあがめる賊・レヴィアーノからの襲撃、血の匂いをまとった巨大帝国の王の存在…“神殺し”の業を背負ったジュールたちの運命は--!?