在母亲的忌日，一心一意想要得到父亲认同的真嗣，却因为父亲冷淡的话语，受到了沉重的打击。接着，在击败第七使徒的那一天，真嗣在NERV的基地内，看到了第一使徒“亚当”！人类补完计划这个巨大沉重的计划，将这群不知情的少男少女卷入其中，然后一步步地朝着目标迈进……