《幽灵行动：未来战士》的时间背景设定在近未来，极端民族主义者控制了俄罗斯，并向邻国发动进攻，玩家将扮演四人幽灵小队的队长、突击队员Kozak；这支队伍包括侦察专家30K、狙击手Pepper、工程师Bones。幽灵小队受命与新极端民族主义者作战，被派往世界各地执行任务，包括挪威、俄罗斯、亚洲和中东。