森で遊んでいたピカチュウ、アチャモ、キモリ、ミズゴロウ、ハスボーの5匹はひょんなことからロケット団の秘密基地を発見する。その秘密基地はロケット団の3人組がボスを迎えるため作ったものだった。 ムサシとコジロウがボスを迎えに出て行った後、ニャースは自身の発明した「モンスターダンシングボール」をためしに作動させる。このモンスターダンシングボールは、音楽を流すとどんなポケモンでも勝手に踊りだしてしまうというものだった。ニャース達は踊りのサポートをする楽団として、森に住んでいた3匹のゴニョニョを捕まえる。 一方、秘密基地の中に入り込んだピカチュウ達はそこで捕らわれたゴニョニョ達を発見。救出するも、ニャース達に発見されてしまう。 その時、ひょんなことからモンスターダンシングボールが作動。近くにいたポケモン達は勝手に踊り始める。ドゴームやルンパッパまでやって来て、どうなるのだろうか。