空から降ってきてパニック状態のアンノーンは「どこから来たの？」と聞いても「キラキラしたとこ」という以外分からない。 仲間の場所を知っているというエネコの案内で向かった先は、行き止まりの地下水路。しかも、壁にあったおかしな柱のパズルを 押してみると突然不思議な光に吸い込まれてしまう。 気付くとそこは、空の上に浮かぶ石の迷路があったり、ポケモンが大きくなったりする、とっても不思議な場所。 さらにニャースたちも追いかけてきた！果たしてピカチュウたちは無事アンノーンを仲間のところへ連れて行くことが出来るの？