故事开篇，主角做了一个不可思议的梦，在梦中，听到了某人的呼唤，“希望你拯救宝可梦世界”，回过神来，发现自己变成了宝可梦。之后，随着神秘的声音指引，闯入了只有宝可梦的世界。 不知不觉间，能够与宝可梦对话的主角，与许多同伴一起，朝着不可思议迷宫展开冒险。