洛克人X6

シグマの策略による「コロニー落下事件」から21日後。コロニーの地球衝突はゼロの命と引き換えによって免れたものの、地球に及ぼした影響は大きく、地球は荒れ果てた姿となった。その後、地上のウイルス汚染が静まってきた頃、レプリロイドは地上で生活できず地下に移り住んだ人類に代わり、地上再建に励んでいた。エックスもまた、生き残ったわずかな「イレギュラーハンター」通称「ハンター」の隊員の1人として、復旧作業に努めていた。
そんなある日、エックスの元へ、エイリアからの緊急連絡が届く。内容は、シグマと共に消滅したと思われていたイレギュラーが再び発生した、というものだった。真相を突き止めるべく、エックスは「ゼットセイバー」を手に、一人戦場へ向かった。