舞台是在关原之战西军胜利后，在大阪开创了丰臣幕府的400年前的假想日本（历史上关原之战为东军胜利，由德川家康开创了德川幕府），动画中妖怪“アヤカシ”试图支配整个人类，而我们的主人公则是使用融合了手枪与拳法的武术“GUN道”的双枪少年“武藏”。“武藏”真正的职业是四处偷窃城堡里金银财宝的“城盗”，为了得到能封印“アヤカシ”的“七件秘宝，而和同伴们在日本全国展开了盗窃行动。

为了应对日益复杂化的犯罪，警视厅在搜查一课下成立了Z组（Team Z），小组成员由搜查一课内两百名刑警中经过严格遴选脱颖而出，分别为副总监之子江上亨（松坂桃李 饰）、江上的青梅竹马佐野希（杏 饰）、格斗高手户口雄平队长（池内博之 饰）、心理专家泽渡玲子（笛木优子 饰）、以及三岛治夫（六平直政 饰）、小早川稔（满岛真之介 饰）。Z组刚刚成立，便爆出自称炸弹星人的无差别炸弹恐怖袭击的事件。作为新人的江上和佐野首战失利，承受巨大压力。而犯罪分子手段狡猾，不仅公然挑战警察权威，更肆意模仿当年名震一时的三亿日元劫案。 刚刚成立不久的Z组，面临诞生以来最大危机……