In the Edo period, at the remote village of Okitsu, the evil cult leader Koushirou uses ninjutsu to bewitch sharks and forces them to attack local pearl divers so the cult can steal the pearls from their mangled corpses. Desperate for help, the village chief hires Kotaro Shiozaki, a guard at a nearby temple, but Kotaro soon finds his path blocked by lady ninja Kikuma and a gigantic shark that doesn't seem like something from this world.

Rikka Isurugi (Chihiro Yamamoto), cheffe du clan Kitsune, mène l'enquête sur le « Lotus Blanc », une secte mystérieuse soupçonnée de comploter une rébellion contre le shogunat. Au cours de sa mission, elle rencontre Okyo (Kanon Miyahara), une ninja Fuma envoyée par le shogun. Leurs chemins se croisent alors qu'elles font face à un redoutable ennemi commun : le clan des ninjas Iga, dirigé par Hattori Hanzo (Kane Kosugi), qui nourrit une profonde vengeance contre la famille Tokugawa. Un conflit à trois entre le clan des Renards, les ninjas Fuma et les ninjas Iga est sur le point de commencer.

クレアシティでの闘いを終えた流牙は、鎧を浄化するためにラインシティへ向かっていた。 　しかし、そこに広がっていたのは広大な砂漠だった――。 　かろうじて砂漠化を逃れた街・サガンでは、ホラーが大量発生し異常な事態に街は混乱していた。 　その窮地を救うため街に現れたのは、龍族の魔戒法師・エルミナと莉杏だった。 　莉杏は流牙とともにクレアシティへ向かう道中、リュメの召集により別の使命を全うしていたのだ。 　大量発生するホラー、廃棄物を纏った強大な敵、そして、無差別に襲いかかる正体不明の魔戒騎士。 　さらに謎の魔戒法師・レクトルが流牙に忍び寄る――。 　混迷を極める戦いの中で、流牙と莉杏は導かれるように再会を果たす。 　戦いを終えた流牙は、旧知の盟友・リュメの変わり果てた姿を目にする。 　そしてリュメの命が尽きる時、世界に大いなる災いがもたらされることを告げられる。 　流牙と莉杏はそれを阻止するべく立ち上がるが、その先に待ち受けていたのは守りし者としての壮絶な宿命だった――。 　流牙と莉杏、二人の運命を揺るがす戦いが、幕を開ける。