那些曾被视为谣言的“都市传说”，正一个接一个地化为现实……头戴红色兜帽的少年千野不思议，为了将实体化的都市传说收进自己的手账，正四处旅行。他的目标是要抓住那位能让都市传说具现化的少女——秘密。不思议与搭档人面犬吉米一起，不断挑战接踵而至的灵异现象，逐步逼近秘密的所在。少年少女的追逐戏码，最终将走向何方？

科学技術が発達した、機械仕掛けの理想郷「帝国」。 超常の力・星霊術を駆使し、“魔女の国”と恐れられる「ネビュリス皇庁」。 二国は長きにわたる戦争を続けてきた――。 帝国の最高戦力イスカと皇庁の王女にして“氷禍の魔女”アリスリーゼは、 激闘の中で互いの素顔に触れ、その生き方と理想に惹かれ合う好敵手となった。 独立国家アルサミラで帝国と皇庁の謀略を打ち砕いた二人は、 再会を誓ってそれぞれの道へと進むが、意外な形でその約束を果たす。 アリスの妹シスベルと取り引きを交わし、護衛として皇庁に潜入するイスカ。 シスベルの捜索隊として皇庁の都市リースバーテンを訪れるアリス。 偶然の再会は二人の心をさらに燃え上がらせるが…… 同時に皇庁内では帝国の内通者「純血種・被検体E」が暗躍し、 帝国の「特務・女王捕獲計画」が動き出そうとしていた。 否応なく引き裂かれようとするイスカとアリスは、 その運命に抗うことができるのか――。