在世界的角落里，有着这样一种生物：它们下等且奇怪，不同于任何动植物，有自己的生命形态以及生存方式。自古以来为人类所敬畏，不知何时开始，被称为“虫”。“虫师”这个职业便应运而生，他们对虫进行研究，并接受人们的委托，解决由虫引起的奇异事件。故事主人公银古（中野裕斗 配音）就是这样一名四处云游的虫师，这一次，他要解决的是一种叫“蚀日”的虫。 近日里，各地均发生了日蚀现象，在太阳光被遮掩的时段里，虫会躁动，因此有可能引发各种问题，有人会受虫气所害，变得畏惧日光或者失眠，有人甚至会身影消失。而最让银古担心的，是由“蚀日”引发的一种棘手的异常现象……

淡幽，是最早虫师家族之一的后裔，继承了禁忌之虫，以至于一只脚不能活动。 隈罗，药袋家族的后裔，幼年不具有看到虫的能力，为了应对禁忌之虫，被长期置于荆棘之路的出口，导致“灵魂”被核食虫所食，失去“灵魂”的他，被灌入了人造虫代替自己的“灵魂”，每次使用人造虫后会变成一局空壳，需要重新灌入人造虫才能“复活”，但会失去人的感情。 银古则是受淡幽所托，陪伴隈罗去调查一座山中虫异动的现象。。。

漆原友紀の人気コミックをアニメーション化した「蟲師」の特別編。動物とも植物とも異なる異形の存在で、時に人に妖しい影響や現象を及ぼす「蟲」を調べ、蟲と人とをつなぐ役割を担う「蟲師」の主人公ギンコの旅路を描く作品で、2005～06年に放送されたテレビアニメ「蟲師」、14年に放送された続編「蟲師　続章」と同じ長濱博史監督らおなじみのスタッフが、原作コミックの最終巻（10巻）に収録されている最終話「鈴の雫」を映像化した。