Sinossi
La sesta stagione vede la Guerra dei Cloni giungere ormai a conclusione, mentre cominciano a nascere i sospetti di molti complotti all'interno del Senato. Nella prima puntata, il clone Tup è affetto da una misteriosa malattia mentale, provocando la morte scioccante di un Maestro Jedi. Verrà mandato su Kamino per fare ulteriori analisi, ma in seguito morirà dopo aver estratto dal suo cervello una specie di tumore. Il clone Fives scopre l'esistenza di una costruzione organica per scopi sconosciuti nascosta nel cervello di tutti i cloni, ma verrà ucciso senza riuscire a rivelare la sua scoperta. Nelle ultime puntate il saggio maestro Yoda, guidato dalla voce di Qui-Gon Jinn, cerca di comprendere come mantenere il proprio spirito dopo la morte attraverso numerose prove che metteranno alla prova il maestro Jedi.