visão geral
A quinta temporada começa como de costume: assassinatos a serem investigados. Booth volta do coma pós-operação com estranhos hábitos, que vão se corrigindo aos poucos. Depois de muito tempo, Angela quebra o celibato e começa a namorar um dos estagiários no Jeffersonia, Wendell. No episódio cem, a partir de flashbacks Booth e Brennan contam para Sweets como foi o primeiro caso deles. Começa o julgamento de Heather Taffet e após muitas provas que ela conseguiu anular, a promotora é condenada por sequestro e assassinato porém, Max, o pai de Brennan, tenta matá-la antes do término do julgamento (temendo que ela saia livre), assim, é preso temporariamente por Booth. Booth, após uma conversa com Sweets, se declara para Brennan e ela diz não sentir o mesmo (mas na verdade não quer arriscar a amizade com um relacionamento amoroso). Angela e Hodgins são presos e passam um tempo juntos na prisão até que a fiança seja paga. Esse tempo é crucial para eles se reapaixonarem um pelo outro e, após o pagamento da fiança, o delegado local os casa. Os dois mantém segredo de seus amigos durante um tempo. Brennan e Dayse são convocadas para trabalhar na Indonésia durante um ano devido a um achado antropológico e Booth é convocado para ir treinar militares no Afeganistão.