Übersicht
In der zweiten Staffel ergibt sich, dass schon seit einiger Zeit Agenten aus dem Paralleluniversum im "Real"universum tätig sind. Als biomechanisch veränderte Gestaltwandler sind sie in der Lage, das Aussehen jedes Menschen anzunehmen, wobei sie diese in der Regel umbringen, bevor sie ihre Identität annehmen. So tötet einer der Gestaltwandler den FBI-Agenten Charlie Francis, einen Kollegen Olivias, nachdem diese von einer Reise ins Paralleluniversum zurückgekehrt ist. Ihr gelingt es jedoch schließlich, den falschen Charlie zu entlarven und umzubringen. Von Bell ist sie zu diesem Zeitpunkt bereits gewarnt worden, es drohe ein Krieg mit dem Paralleluniversum. Schließlich wird bestätigt, was bereits am Ende der ersten Staffel angedeutet wurde: Peter ist in Wirklichkeit nicht der Sohn Walters aus dem gewohnten Universum. Dessen Sohn Peter war als Kind gestorben, woraufhin Walter den Sohn seines Gegenstücks aus dem Paralleluniversum als „Ersatz“ in sein Universum holte und damit ungewollt den Konflikt beider Welten überhaupt erst in Gang setzte.