距今约一百六十年前，如今的山口县·荻市内有一间小私塾， 许多出身不同的有志之士皆在此学习，这间私塾名为「松下村塾」。私塾里的这些不为人知的年轻人，日后将推动一场被称为「明治维新」的巨大变革，而被这些年轻人尊称为老师之人，正是山鹿流兵学老师·吉田松阴（伊势谷友介 饰）。一个家族深爱着松阴，默默支持着松阴，众人虽未留名于历史，但生命亦在平凡的生活中代代延续，每个人都活出了自己的精彩人生，并且，有一名女性扶持了众多年轻人。这是吉田松阴之妹·阿文（井上真央 饰）以及其家人与同伴一同走过的动荡时代中上演的故事。

《仁医2》完结篇延续前篇剧情，历史依旧向着既定方向有条不紊的前行，更多耳熟能详的历史角色悉数登场。南方仁（大泽隆夫 饰）以大夫的身份在江户时代生存了下来，所开设的医馆仁友堂亦步入正轨。一天他得知橘咲（绫濑遥 饰）的母亲患了当时普遍的脚气病，由此决意制作并普及可治愈该病的点心。与此同时，坂本龙马（内野圣阳 饰）出现在仁面前请求帮助。仁随龙马来到京都救治胜海舟的师父佐久间象山，竟从苏醒的后者口中得知了惊人的往事……禁门之变后京都满目疮痍，原本留下救人的仁被新撰组带至萨摩藩救治西乡隆盛。此后，坂本龙马牵线西乡隆盛与长州藩，促成萨长同盟。 亲历着幕末日本局势的陡然巨变，仁对自己之于这个时代意义有了崭新的认识。在不远的未来，他将重新邂逅寻找新生活的野风（中谷美纪 饰），前篇中围绕在他们周身的谜团亦将逐一得到解答。

东都大学附属医院某夜紧急收容了一名头部受创的神秘男子，脑外科值班医生南方仁（大泽隆夫 饰）为其顺利完成手术，手术转醒后男子却莫名出逃。仁在追赶中自台阶摔下昏迷，再次醒来后发现自己已身处一片树林之中，有盘头武士在厮杀。以为在拍时代剧的仁险遭殃及，所幸被青年武士橘恭太郎（小出惠介 饰）所救。仁随负伤的恭太郎回到橘家，在极其简陋的条件下为其进行了手术。目睹手术全过程的恭太郎之妹橘咲（绫濑遥 饰）深受触动，对仁产生了浓厚的兴趣。次日早晨，仁从咲口中得知震惊的事实：自己竟穿越到了幕末的江户时代！ 自此，偌大的历史画卷逐渐铺现。以仁在医学所的浮沉及自立门户后的众多医疗事件为主线，不仅坂本龙马、胜海舟、绪方洪庵、新撰组等人物/组织悉数登场，仁更邂逅了与自己在现代的未婚妻样貌惊人相似的美丽花魁野风（中谷美纪 饰）。深感命运神奇的仁在试图将现代医疗技术引入江户的同时，也努力扭转着历史洪流中众人命定的走向。 本剧改编自日本漫画家村上纪香同名漫画代表作，TV版完结篇亦已于2011年播出。