木之幡米拉（高柳知叶 配音）曾经和一个男孩许下了“寻找小行星”的约定，随着时间的而流失，虽然米拉和这个男孩早已经没有了任何的联系，但这个约定却依然被铭记在米拉的心间。 为了完成约定，升上高中的米拉加入了学校的天文社，哪知道为了节省社团经费，天文社竟然于今年同地质社合并，变成了地学社。个性老实，沉默寡言，甚至有些害羞的真中苍（山口爱 配音）、虽然身为学姐，但却异常柔弱的猪濑舞（指出球亚 配音）、常常因为过于认真的性格而被别人误以为在生气的樱井美景（东山奈央 配音）、性格大大咧咧，总是活在自己的世界里的森野真理（上坂堇 配音），对于天空的热爱将这些个性迥异的女孩联结到了一起。

Set directly after the events of Made in Abyss: Dawn of the Deep Soul, the fifth installment of Made in Abyss covers the adventure of Reg, Riko and Nanachi in the Sixth Layer, The Capital of the Unreturned.

黄前久美子升上高三，并在已经超过90名成员的北宇治高中吹奏乐社中成为了社长。高三生们为了自己这最后一次吹奏乐比赛，开始了努力的练习。他们是否能得到梦寐以求的“全国赛金奖”呢？这是成为社长的久美子，高中生活最后的炽热青春！

三谷裳千绪（太空直美 配音）是就读于鲛岛学园的平凡高中一年级女生，无论是样貌、性格或是成绩，都只能用平平无奇来形容，然而千绪本人非常享受这种低调闲散的状态。在家里，千绪是个标准的游戏宅，总是沉迷于各种各样的欧美角色扮演游戏之中。 千绪的家离学校并不远，所以每天千绪都依靠走路上学，奇怪的是，每一天，在千绪的上学路上，似乎有什么在冥冥之中阻挠着她抵达学校，状况百出，麻烦不断，而千绪兵来将挡水来土掩，最终总是能够化解危机。和千绪一起上学的，还有和千绪互相嫌弃的青梅竹马野野村真奈菜（小见川千明 配音）和田径部王牌细川雪（本渡枫 配音）等人。

一之濑花名（近藤玲奈 配音）刚刚从初中毕业，即将来到新的学校开始美好的高中生活。花名的个性有些内向害羞，因此十分担心自己在新的环境中是否能够顺利的交到朋友。离开了父母和熟悉的故乡，花名来到了名为“手鞠Heights”的公寓，在这里开始了独自一个人的独立生活。 事实证明，花名的担忧是多余的，没过多久，她就结识了一帮新朋友——成熟稳重善解人意的十仓荣依子（岭内知美 配音）、我行我素大大咧咧的百地玉手（伊藤彩沙 配音）、娇小可爱沉默寡言，比花名还要怕生内向的千石冠（长绳麻理亚 配音），和新朋友们在一起，花名的快乐日常就此展开。

白明与御子地。 住在绿意盎然的森林中的，两位小小的女孩子。 在树洞里建造家、把树叶当做伞、坐在昆虫或鸟的背上…… 身高9厘米的话，这种事情也是能做得到的。 不去悄悄地偷看一下吗？ 她们那安详而愉快，十分可爱的生活。

玉木真理（水濑祈 配音）是就读于多多良西高中二年级的女生，生性活泼开朗的她是一个容易对新鲜事物产生好奇心的女孩，但是本性中的谨慎和胆小又让她对这些事物往往浅尝辄止，无法深入。这一天，真理邂逅了名为小渕泽报濑（花泽香菜 配音）的同学，她的母亲是一名南极观测队队员，因此，从 很小的时候起，真理就对南极这片冰封的土地充满了好奇。 在报濑的影响下，真理开始向往踏上南极的土地。性格开朗在便利店打工的三宅日向（井口裕香 配音）、虽然年龄小但意外的老成的白石结月（早见沙织 配音），在“南极Challenge”的队长藤堂吟（能登麻美子 配音）的带领下，少女们向着梦想开始了进发。

Eccentric Rintaro falls into a depression after failing to save Kurisu, but then a neuroscientist offers him the chance to interact with an AI copy.

马缔光也（樱井孝宏 配音）是一位性格非常内向的年轻人，总是无法很好的通过语言来传达自己的想法。可是这样的他偏偏进入了公司的第1营业部，每天的工作都让光也感到压力非常巨大。一天，光也意外的在大街上遇见了名为西冈正志（神谷浩史 配音）的男子，这个看似轻浮又油嘴滑舌的男人，竟然是辞典编辑部的一员。 正志在光也的身上发现了校编辞典的天赋，于是邀请他加入编辑部，开始了对于辞典《大渡海》的校编，光也就此结识了对文字爱得深沉的荒木公平（金尾哲夫 配音）、将自己的一生都投注到了辞海中去的松本朋佑（麦人 配音）以及性格非常努力务实的佐佐木薰（榊原良子 配音）。

半数居民都拥有特殊能力的街道，咲良田。在负责监视能力者的“管理局”管理下，居民过着和平的生活。“想要消去眼前之人的泪水”、“想要将声音传达给某人”。伴随着这种温柔而又细微的“愿望”，这条街道的能力诞生了。 拥有能够回想起过去体验过的全部记忆的“记忆保持”能力的浅井惠，以及拥有“最大能够将世界倒带3天”的“重启”能力的春埼美空。她自身也受到“重启”的影响而失去了记忆，但通过与决不会忘记任何事情的惠齐心协力，两人得以将过去重来，并改变现在—。 但，也存在着即使是这样的两人也无法重来的“过去”。那是，两年前同级生相麻堇受到“重启”的影响而消失的事情。 两人从属于名为“服务社团”的社团活动，一边过着完成学生们各种各样委托的每一天，一边寻找着能够让相麻堇复活的方法。这样的他们收到了一件委托——“希望让死去的猫复活”。 为了消除在过去发生的“悲哀”，少年与少女穿越时间，前去改变世界—