文化大革命如火如荼进行的同时。军方探寻外星文明的绝秘计划“红岸工程”取得了突破性进展。但在按下发射键的那一刻，历经劫难的叶文洁没有意识到，她彻底改变了人类的命运。地球文明向宇宙发出的第一声啼鸣，以太阳为中心，以光速向宇宙深处飞驰…… 　　四光年外，“三体文明”正苦苦挣扎——三颗无规则运行的太阳主导下的百余次毁灭与重生逼迫他们逃离母星。而恰在此时。他们接收到了地球发来的信息。在运用超技术锁死地球人的基础科学之后。三体人庞大的宇宙舰队开始向地球进发…… 　　人类的末日悄然来临。

21世纪初叶，在三体人的入侵阴影中，人类曾将一个冰冻的大脑发射到太空中，去和三体人接触。两百年后，这个叫做云天明的大脑终于被三体人所俘获，复活的云天明在和三体人的梦境斗争中逐渐锻炼出超卓的心智，决定性地影响了人类和三体人的战争进程。但不久之后，和远远超出三体世界的神级文明化身“魂灵”的遭遇，让云天明得知一个名为“隐藏者”的神秘种族存在，他们可能掌握着宇宙和生命遥远起源的深层奥秘……