在电影版中，原本在电视版中只有使东京部分地区毁坏的陨石，因为完整无缺的坠落在海洋中，造成海水蒸发，大片海洋消失，气候异常，人类生存受到威胁。更有甚者，陨石中夹带的大量的外星生物WORM侵略人类世界，带来破坏和恐慌。人类组成ZECT这个特别武力组织，并且开发出假面骑士系统，来对抗WORM。而ZECT更因为具有唯一能对抗WORM的武力，隐然成为人类世界的统治者。 有些ZECT的成员因不满ZECT的做法，脱离另成立NEO-ZECT，与ZECT对抗。在一次ZECT和NEO-ZECT的对抗中，一个神秘男子天道总司出现在打斗现场，同样有变身成为假面骑士的能力，却不属于任何一个组织，让双方都感到惊讶和困惑。然而，一个可怕的阴谋，正在此时悄悄地进行。