Using massive piloted robots to combat the alien threat, earth's survivors take the fight to the invading alien force lurking in the depths of the Pacific Ocean. Nearly defenseless in the face of the relentless enemy, the forces of mankind have no choice but to turn to two unlikely heroes who now stand as earth's final hope against the mounting apocalypse.

概要 恐竜帝国の総攻撃により、地球は壊滅の危機に瀕していた。だが、この日のために用意された真ゲッターロボはいまだ起動せず、メインパイロットの流竜馬も戦闘不能な状態にあった。そこで地球を守るべく、巴武蔵は単身ゲッターロボに乗りこんで恐竜帝国のメカザウルス軍団を迎え撃つ。そして武蔵はゲッター炉心を暴走させて、メカザウルス軍団を道連れにゲッターロボと共に散ったのだった。 そして、５年の月日が流れた…。 恐竜帝国は滅びていなかった。再び地上を襲い始めたメカザウルス達。だがこの日のために神隼人はネオゲッターロボを完成させていた。更に隼人は二人のパイロット、橘翔と大道剴を育て上げていた。しかしゲッターには３人のパイロットが必要だ。しかもとてつもない能力の持ち主が。やがて隼人はついに最後のパイロットを見つけ出す。恐竜兵士をも素手で倒す猛者、一文字號を。 かくして３人揃った新生ゲッターチームはネオゲッターロボを駆り、恐竜帝国との激闘を開始した。だが恐竜帝国の帝王ゴールは、脅威的な新しい力を手に入れゲッターに迫る。この戦いの果てに待つものは何か!?

自从盖塔射线被发现并作为一种重要的能源被广泛使用以来，人类已经经历了大半个世纪，但是，神秘的外星生物Inventor（来访者）自月面开始侵袭地球，人类濒临危机。于是，人们自发制造了大量的Super Robot去应战，终于击退了这些怪物。随着早乙女博士的死亡，世界盖塔射线的研究权威机构——早乙女研究所渐渐被废弃，当年杀害博士的元凶，就是原盖塔队队长——流龙马，如今已经被判处无期徒刑，处于监禁中，曾作为战争中拥有最强大力量的盖塔队也就此解散。 一日，原盖塔队成员——巴武藏和车弁庆在运送军方重要物资的时候，于山路上再度遇见了消失多时的Inventor，并受到了截击，巴武藏驾驶盖塔三号机应战，酣战多时，中途却被一巨大的机器人攻击，它全身深红，背后生有恶魔的翅膀，它是弑神者——真盖塔。并不知情的武藏被打成重伤，而真盖塔也同时收拾掉了Inventor，强大的力量令人咋舌，而操纵者，竟然是原本应该在３年前死去的早乙女博士。 到底是怎么回事呢？Inventor侵攻地球的谜团，盖塔射线的秘密，即将要揭晓了。！