想いを背負い、新たな、そして未来への戦いへ。 汎銀河統一帝国を名乗る謎の勢力“ウルガル”の襲撃を受け、存亡の危機に陥った地球。 遺伝子操作によって戦うために生まれた子どもたち、イズル、アサギ、ケイ、タマキ、スルガ、アンジュの「チームラビッツ」は、最新鋭の戦闘デバイス「AHSMB（アッシュ）」で戦いを挑む。 ウルガルの拠点を叩く決戦で勝利するが、その戦闘でイズルは重傷を負い昏睡状態となってしまう。 戦闘母艦ゴディニオンでイズルの回復を祈るアサギたち。 そんな中、ウルガルの皇族の遺伝子を持つディオルナがその姿を現し、残存部隊を統率して地球へと侵攻する。 狙うは、ラビッツの母校・グランツェーレ都市学園の地下に眠る“遺伝子”。 イズルの意識が戻らない中、「イズルのぶんまで戦う」と決意するアサギ。 チームラビッツ、そして新アッシュを駆るチームフォーンは最後の戦いへと出撃していく。

在埃及与宿敌DIO的死斗之后过了11年。1999年，空条承太郎为了与祖父乔瑟夫·乔斯达的私生子东方仗助见面，而来到了日本M县S市杜王町。但，仗助却持有与承太郎相同的特殊能力“替身”。之后，以承太郎的来访为开端，仿佛被吸引一般，新的“替身使”们开始行动。“这座城镇存在着什么……”为了守护养育了自己的杜王町，仗助挺身而出。