故事改外编自微软同名游戏。公元2552年，因为地球人口太多，人类不得不开始向星际间的殉众多行星移民，以开发新的空间。在某个太空移民组织突然消失后，派去调查此事的舰队仅有一艘战舰返回了基地。从此，外星种族星盟(Covenant)对人类的侵略就拉开了序幕，星盟的科技远远胜过于地球，逼得地球的军队节节败退，最后人类只好准备前往远方未探测过的宇宙寻求一线生机。在探测过程中，指挥官与他的组员被星盟舰队发现并追上。紧急关头，他们发现了Halo，一个巨大的异形环状世界，那里有着一万公里的直径与可呼吸的气体。在这个巨大的具有生命的圆环里，居住着不可思议的生物、奇特的植物、扭曲的地下巢穴、巨大的山脉，以及数不尽的充满怒气的异形。在飞船被击毁之后，部分的人类组员登陆在Halo的表面上开始了一场与星盟的战争……

本作は『スーパーロボット大戦』の名を冠する初のアニメーション作品である。ただし、タイトル通り版権作品の登場しない『OG』シリーズの枠の中でのリリースとなっている。『OG2』終了後の物語であり、そこで起きた「バルトール事件」をアニメ化したオリジナルストーリー。 制作会社は、TVアニメ『スーパーロボット大戦OG -ディバイン・ウォーズ-』のOLMではなくブレインズ・ベース。 ドラマCDは、OVAに登場しないキャラの物語に加え、OVA前日談とおちゃらけた後日談となっている。また、本編での説明不足の部分はかなり補足されている。

SIDE6沉浸在一片安宜祥和的气氛中，这里远离战场，几乎从未发生过什么战事，驻守在这儿的联邦军的部队也并不多，这一点，并不使少年阿鲁高兴，因为他是一个军事迷，渴望看一下激烈的战斗场面。一日阿鲁正与朋友们交流时，殖民地内发生了骚动，这是由吉恩的小股侦察部队与联邦发生的冲突所引致，不久，一架受了伤的扎克（改），掠过阿鲁的上空，坠落在离他不远的林间草坪上。 被击落的吉恩新兵巴尼，用自己的军衔章换取了阿鲁的摄影机磁卡，这里面记录有阿鲁从联邦的工厂里到的MS组装画面。此外，还有几日前从地球搬来的阿鲁家的邻居红发女郎克丽丝的倩影。巴尼获取的情报，引起了吉恩军的注意，他们立即组建了一支突击小队，执行破坏高达的任务。于是，巴尼所在的小队，依靠一场小规模的战斗的混乱，再度潜入SIDE6。在宇宙殖民地中，巴尼又一次与阿鲁相遇。 理想成为MS驾驶员的少年阿鲁，自愿为吉恩突击小队侦察联邦军的秘密基地的位置，并与监视他的青年巴尼成为了好友。一日，巴尼在阿鲁的窗下与克丽丝邂逅，这为巴尼的监视任务带来一分情趣。同时，在突击小队的秘密仓库中，对高达用新型MS--坎普玛正在组装中，计划在圣诞节前，完成破坏阿历克斯的任务。一切准备工作完成后，破坏高达作战展开，由吉恩老兵驾驶的坎普玛，将驻守的联邦部队打得落花流水，并与突击小队配合，很快到达了停放阿历克斯的秘密工厂，阿历克斯NT-1仓促应战，并以性能的优势将坎普玛击败。至此，吉恩突击小队作战失败，小队除巴尼以外全员战死。 吉恩突击小队作战失败后，小队唯一幸存者巴尼接到了立即撤离SIDE6的指示。因为吉恩军没有机会再组织力量破坏高达，于是他们打算圣诞夜之前，用核弹摧毁整个宇宙殖民地。巴尼得知消息后，要求阿鲁立即通知家人与克丽丝尽早离开殖民地，但遭到阿鲁的反对。阿鲁希望自己心中的优秀驾驶员巴尼，能击溃阿历克斯挽救殖民地的命运，于是巴尼只得一个独自离开。 警方无法相信阿鲁的报警，置之不理。同时，吉恩军搭载核弹头的攻击舰已驶离母舰。阿鲁面对朋友与家人几欲绝望，此刻在机场，巴尼正犹豫不决，最终，他下定决心，为了阿鲁与心爱的克丽丝，以及殖民地的人们，向阿历克斯发出最后的挑战。在阿鲁的协助下，他修复了初次袭击SIDE6时被击落的扎克，用唯一的武器--能量斧对NT-1发起了攻击。与此同时，阿鲁从父亲的口中得知了吉恩军将于数日后签定终战协议，他飞奔着跑向巴尼战斗的地方，但在他面前支离破碎的NT-1的光束剑，已刺穿了扎克的座舱。而救护人员从NT-1的座舱中抢救出的联邦驾驶员那一头秀丽的红发，更使阿鲁呆然……

概要 恐竜帝国の総攻撃により、地球は壊滅の危機に瀕していた。だが、この日のために用意された真ゲッターロボはいまだ起動せず、メインパイロットの流竜馬も戦闘不能な状態にあった。そこで地球を守るべく、巴武蔵は単身ゲッターロボに乗りこんで恐竜帝国のメカザウルス軍団を迎え撃つ。そして武蔵はゲッター炉心を暴走させて、メカザウルス軍団を道連れにゲッターロボと共に散ったのだった。 そして、５年の月日が流れた…。 恐竜帝国は滅びていなかった。再び地上を襲い始めたメカザウルス達。だがこの日のために神隼人はネオゲッターロボを完成させていた。更に隼人は二人のパイロット、橘翔と大道剴を育て上げていた。しかしゲッターには３人のパイロットが必要だ。しかもとてつもない能力の持ち主が。やがて隼人はついに最後のパイロットを見つけ出す。恐竜兵士をも素手で倒す猛者、一文字號を。 かくして３人揃った新生ゲッターチームはネオゲッターロボを駆り、恐竜帝国との激闘を開始した。だが恐竜帝国の帝王ゴールは、脅威的な新しい力を手に入れゲッターに迫る。この戦いの果てに待つものは何か!?

自从盖塔射线被发现并作为一种重要的能源被广泛使用以来，人类已经经历了大半个世纪，但是，神秘的外星生物Inventor（来访者）自月面开始侵袭地球，人类濒临危机。于是，人们自发制造了大量的Super Robot去应战，终于击退了这些怪物。随着早乙女博士的死亡，世界盖塔射线的研究权威机构——早乙女研究所渐渐被废弃，当年杀害博士的元凶，就是原盖塔队队长——流龙马，如今已经被判处无期徒刑，处于监禁中，曾作为战争中拥有最强大力量的盖塔队也就此解散。 一日，原盖塔队成员——巴武藏和车弁庆在运送军方重要物资的时候，于山路上再度遇见了消失多时的Inventor，并受到了截击，巴武藏驾驶盖塔三号机应战，酣战多时，中途却被一巨大的机器人攻击，它全身深红，背后生有恶魔的翅膀，它是弑神者——真盖塔。并不知情的武藏被打成重伤，而真盖塔也同时收拾掉了Inventor，强大的力量令人咋舌，而操纵者，竟然是原本应该在３年前死去的早乙女博士。 到底是怎么回事呢？Inventor侵攻地球的谜团，盖塔射线的秘密，即将要揭晓了。！