本书特点是基本上以大顺军、大西军余部及郑成功等民众抗清斗争为主线；贯串全书的脉络是强调历时二十年的抗清斗争失败的主要原因是抗清势力内部矛盾重重，严重分散，抵销了抗清力量。南明的历史，包括了大顺军攻克北京及消军入关问鼎中原以来，直到康熙一年夔东抗清基地覆灭的各地地反清运动的历史。它是群雄争霸又是明朝的延续，也是清初历史的一个主要组成部分称之为南明,是因为以北京为都城的明朝业已覆亡这段时期的战斗主要在南方展开，又是在复兴明朝的旗帜下进行，而弘光、隆武、鲁监国 、永历朝廷都是在南方建立的。但是，抗击清朝的暴虐统治，并不仅限于南方，陕、甘、晋、冀、鲁、豫等地的抗清运动连绵不断。

《明朝那些事儿》这篇文主要讲述的是从1344年到1644年这三百年间关于明朝的一些事情，以史料为基础，以年代和具体人物为主线，并加入了小说的笔法，对明朝十七帝和其他王公权贵和小人物的命运进行全景展示，尤其对官场政治、战争、帝王心术着墨最多，并加入对当时政治经济制度、人伦道德的演义。