平凡的中学生鹿目圆（悠木碧 配音）有一个美满的家庭，在生活中她是个性格温顺又有爱心的好孩子。转学生晓美焰（斋藤千和 配音）的出现打破了小圆平静的生活，这个性格酷酷又体弱多病的黑长直少女似乎对小圆有着什么难言之隐。命运中的相遇出现了，小圆在路边救下了一只浑身是伤的奇怪动物 ，没想到这只动物居然会说人类的语言。它告诉小圆它的名字叫丘比（加藤英美里 配音），并且提出了一个特殊的要求，它希望小圆能够和它签订契约成为魔法少女。 魔法少女是这个世界中一种特殊的存在，她们肩负着和魔女战斗的使命，作为报酬，丘比可以实现她们任意的一个愿望。在战斗的过程中，小圆发现魔法少女这个职业并非故事里所描绘的那么美好，随时有着牺牲的可能。并且，随着战斗的升级，一个关乎于她自己的残酷真相正在逐步的浮出水面。

Madoka Kaname, an ordinary middle-schooler, along with her best friend Sayaka Miki, are offered the chance to have any wish they want granted by the mysterious Kyubey, and become magical girls and fight witches. However, fellow magical girl Homura Akemi seems intent on stopping Madoka from becoming a magical girl at any cost. Puella Magi Madoka Magica the Movie Part I: Beginnings is a retelling of the first half of the TV anime series.

As the young girls have discovered the truth about the cruel fate of a magical girl, one magical girl after another is destroyed. Throughout it all, there is one magical girl who continues to fight alone - Homura Akemi. Puella Magi Madoka Magica the Movie Part II: Eternal is a retelling of the second half of the TV anime series.

Following Madoka's rewriting of the universe, sacrificing herself and her happy normal days to save all magical girls from the cruel fate that awaited them by wiping witches out of existence, the despair still manifest into creatures known as nightmares. Magical girl Homura Akemi continues to fight alone in the hope that she will be able to see Madoka smile again.

樱花飞舞的春天，前往学校途中的少女风浦可符香，发现在樱花树上吊的男子。匆忙之下将男子救下的她，却得到了“真死了怎么办？！”的奇怪质问。面对这名超消极男子，乐观的可符香提出了“上吊的人只是想增高”的无厘头解释，并以“桃色部长”的花名称呼这名男子。 离开男子的风浦可符香来到教室，却发现刚刚见面的男子，正是学校来的新教师——糸色望。因汉字合起来是“绝望”而被学生称为“绝望老师”的望、口头禅是“绝望了！对xx的世界绝望了”。他与2年へ班32名学生的爆笑校园生活就此开始。