人々を怯えさせる連続殺人事件が発生、その現場にはいつも花の絵が残されていた。クオン（声：神谷浩史）たちは、事件に“能力者”＝“ベスティア”が関わっていると考える。一方、サイボーグ部隊WTOCの1人イプシロン（鳥海浩輔）もこの事件を追っていた。クオンは、事件現場にいつもかすかに残される甘い匂いに気づく。イプシロンはデルタ（寿美菜子）と調査を進め、花にまつわるデータを検索するうち、花が美しいだけの存在でない事実を見出す。...

故事发生在1924年的圣瓦尔贵族子弟寄宿学校玛格丽特学院，转学生久城一弥（江口拓也 配音）刚刚来到学校，就因外表而被称为不详的“黑色死神”。实际上，一弥是个老实又木讷的男孩，可正是这样的性格使他总是轻易的会被卷入难以用常理来解释的怪奇事件中。在一次杀人事件中，一弥遇见了身材娇小一头金发的少女维多利加（悠木碧 配音），这个谜一样的少女以其高超的智商帮助一弥脱出了险境，两人的羁绊也从此开始了。 在这个校园里，流传着许许多多耸人听闻的灵异事件，而在这些事件的背后，作祟的究竟是鬼怪还是人类，这个问题的答案就要交给一弥和维多利加去一一破解了。

In times of need, if you look in the right place, you just may see a strange telephone number scrawled in red. If you call this number, you will hear a young man introduce himself as the Yato God. Yato is a minor deity and a self-proclaimed "Delivery God," who dreams of having millions of worshippers. Without a single shrine dedicated to his name, however, his goals are far from being realized. He spends his days doing odd jobs for five yen apiece, until his weapon partner becomes fed up with her useless master and deserts him.