Police officers around Tokyo are being murdered by an unknown assailant. When Ran witnesses an attempt on the life of one of her friends in the police, she loses her memory. Now, Conan and Inspector Megure must find the murderer while Ran attempts to regain her lost memories.

雏见泽是一处坐落在群山环绕之间的僻静村庄，淳朴的民风使得这个古老的村庄一直以来都保留着祖先时代的祭祀习俗，称为绵流。昭和58年的一个夏天，这个村庄迎来了一个新的居民：少年前原圭一（保志总一朗 配音）。新的环境让圭一有些不太能适应，但在结识了温柔的龙宫礼奈（中原麻衣 配音），活泼的园崎魅音（雪野五月 配音），外表孱弱却内心坚强的北条沙都子（金井美香 配音）和古手梨花（田村由里香 配音）后，新的生活很快便如火如荼的展开了。
随着时间的推移，一年一度的绵流祭奠即将开始，然而在此热闹之际，圭一却听闻了一些雏见泽不为人知的过去，以及历年来绵流祭奠所带来的，一人失踪一人死亡的被称为“神隐”的恐怖事件。这些传闻是虚是实？过往单纯快乐的生活是真是假？作为一名“外来者”，前原圭一出人意料的逐渐接近了某个重大事件的真相。

很久以前四处游荡的羽入一族来到雏见泽定居，虽然他们希望能够和当地居民共存，但是在排外心的作用下遭到了拒绝，并发生了流血事件。这时，羽入以人类的姿态和古手神社的神主进行交涉，而且和神主的后继者有了孩子。神主也觉得这样下去不是个办法，于是要求他们遵守几个严厉的条例。而且，为了平定互相猜疑的人心，必须要有牺牲者。羽入接受了这些要求，她甘愿成为古文书所记载的“混沌的鬼神”，倒在了自己的女儿剑下（根据古手家的古文书记载）。而村民们将背负起双方的罪孽和责任，换来了和平共处的“鬼神”奉为了OYASHIROSAMA。当然，羽入并没有这样死去。当她再次复苏的时候，雏见泽已经恢复成了平常的样子，两者和睦共处，而她也在漫长的岁月中默默注视着他们的成长，以OYASHIROSAMA的身份。直到梨花的降临才从寂寞中解放出来。