家世显赫的大庭叶藏，来到东京就读名校，并且过着好生活。同学们都认为他是个风趣、很好相处的好同学，但实际上，这一切都是害怕人类的叶藏假扮出来的。实际上他只是想靠这种方式来与其他人维系住关系。某一天，他的好朋友抱持着好玩的心态带他去参加某个左翼政治活动，从此之后，叶藏开始沈醉于这个政治活动，而自己的人生也开始走下坡…

　　漫画家の古屋兎丸はある日、新連載のネタにつまってネットサーフィンをしていると、個人の日記が書かれた『人間失格』というサイトに出会う。そこには3枚の写真があり、裕福そうな家族に囲まれた6歳時の写真、美少年に成長した17歳時の写真、まるで老人のように生気を失った25歳時の写真が上げられていた。古屋はその写真の男『大庭葉蔵』に興味を持ち、「彼にいったい何があったのか?」と大庭の日記を読み始める。

1000年后的世界，日本的孩子们正不断地消失，只存在想象中的恐怖动物与人类展开殊死战斗。反乌托邦式的未来超级社会“新世界”，是口吐真言凭藉“咒力”就能移动物体的人类，与有着等同于普通人智力的生物“化鼠”共存的世界。乍看之下一切和平，但“新世界”的孩子们的行动被彻底地控制和管束着，不合适的记忆被消去，被认为有问题的孩子，如同不良产品般被分开处理。因为一些违反规则的小事而莫名地失去不少朋友的主人公渡边早季，卷进了人类与化鼠之间的战争。

天野雪辉（富樫美铃 配音）是一个平日里喜欢在手机中记录日常琐事的孤僻少年，一日偶然间，他发现自己居然拥有了能够预知未来的“未来日记”，而此时，兴奋又好奇的他并不知道，自己已经被卷入了一场永无止尽的杀戮游戏中去。作为控制整个游戏的时空之神，宙斯（若本规夫 配音）选中了12名年龄和职业各异的男女，赋予他们拥有不同能力的“未来日记”，而他们所要做的，就是尽其所能利用自己的日记逃避同伴的追杀并且尽可能的杀死同伴。失败的人将和日记一同消失，而最后的胜利者，可以成为下一届游戏的神。
就是这样毫无理由的残酷游戏，作为同学一直爱慕着雪辉的我妻由乃（村田知沙 配音）也被卷入其中，他们将面对的，是怎样强大的对手呢？善良单纯的他们能够逃脱神的掌控吗？

故事发生在黑手党出没的意大利。表面上，“社会福祉公社”是一间专门收容孤苦少女的福利院，但在背地里，他们却以杀手为目标训练这些肢体残缺的女孩。他们将少女们洗脑后进行肢体改造和实战训练，经过改造的女孩们，成为了不折不扣的杀人兵器。其中，要数海瑞塔（南里侑香 配音）、莉可（三桥加奈子 配音）、崔耶拉（仙台惠理 配音）、克拉耶斯（小清水亚美 配音）和安琪莉可（寺门仁美 配音）五人最为优秀。每个少女都配有一个年长男性作为辅佐官照顾其生活起居。虽然身份是杀手，但她们对自己的辅佐官都有着深厚的信任和感情。
少女们的敌人，是被称为“五共和国派”的恐怖组织，他们为了争取自由独立犯下了不择手段的罪行。少女们无法逃脱死亡的悲伤命运，残酷的战斗中，处处显现出这些无依无靠的“工具”们悲哀的身影。

露西生来就与常人有异，她头上长着两个犄角，生有四只隐形的手，体内蕴藏着巨大的力量，人们管她这样的孩子叫作异种人。从小就被人抛弃排挤的露西一直非常孤独，直到她遇到浩太才渡过了非常愉快的几天。然而随着体内载体的呼唤，她渐渐还是显露出杀人魔的本性，并被研究所拘捕监禁。
　　八年后，露西从研究所里逃出来，却由于脑部重创失忆，成为“白痴少女”。此时的浩太也由于儿时的重大打击选择性失忆，两人再次相遇，浩太把露西当作陌生人收留下来。穿插着两人断断续续的回忆，故事渐渐走向了两个极端。

暑假，来到自然学校的15名少年少女。在那里，他们遇到了一个自称为“KOKOPERI”（可可贝利）的神秘大叔，邀请和他们开始一场“游戏”。所谓的“游戏”就是操纵巨大机器人来对抗袭击地球的机器人，以为这是一般电脑游戏的15名孩子们定下了契约，但孩子们不知道这个游戏的真正意义，更不知道操纵机器人背后的沉重代价。在一次又一次的战斗中， 孩子们从不知到真相而对这个游戏的激动兴奋，到知道真相后看着同伴慢慢离开的痛苦，看着每次选择驾驶者也许就是自己却无法解除契约时各自的不同表现，展现了人性中最真实的一面——恐慌、愤怒和悲伤，并通过每个孩子独一无二的人生经历暴露出世界的黑暗一面。