《仁医2》完结篇延续前篇剧情，历史依旧向着既定方向有条不紊的前行，更多耳熟能详的历史角色悉数登场。南方仁（大泽隆夫 饰）以大夫的身份在江户时代生存了下来，所开设的医馆仁友堂亦步入正轨。一天他得知橘咲（绫濑遥 饰）的母亲患了当时普遍的脚气病，由此决意制作并普及可治愈该病的点心。与此同时，坂本龙马（内野圣阳 饰）出现在仁面前请求帮助。仁随龙马来到京都救治胜海舟的师父佐久间象山，竟从苏醒的后者口中得知了惊人的往事……禁门之变后京都满目疮痍，原本留下救人的仁被新撰组带至萨摩藩救治西乡隆盛。此后，坂本龙马牵线西乡隆盛与长州藩，促成萨长同盟。 亲历着幕末日本局势的陡然巨变，仁对自己之于这个时代意义有了崭新的认识。在不远的未来，他将重新邂逅寻找新生活的野风（中谷美纪 饰），前篇中围绕在他们周身的谜团亦将逐一得到解答。

在过去的三年里，永远快乐无忧的干物女雨宫萤（绫濑遥 饰）被派往香港开拓市场。虽然口口声声要每天和最爱的部长（藤木直人 饰）通信联络，但是长达三年的岁月里她只寄过一封名信片，部长所有的信件也石沉大海，杳无音讯。当她回到久违的日本后，发现原本熟悉的设计部门早已大换血，甚至连部长似乎都另结新欢，身边出现了一个叫小夏（木村多江 饰）的女子。好不容易得到的爱情面前出现劲敌，而公司新来的男孩（向井理 饰）对雨宫也渐渐产生好感。 傻宫与部长的恋情之路，充满了考验与不确定……