Still working to get his wish complete, Watanuki finds himself into more mess than he can handle when certain facts about his everyday life gets revealed and when he needs to learn the lesson of Yuuko the hard way.

Kimihiro Watanuki can see spirits and other assorted supernatural creatures, which is quite a bothersome ability he strongly dislikes. On the way home one day, while plagued by some spirits, he is inexplicably compelled to enter a strange house. There, he encounters Yuuko, a mysterious woman who claims to be able to rid him of the ability to see and attract the troublesome creatures—for a price. She demands that he work at her "store" that grants wishes to people, and thus begins Watanuki's adventures through weird and wonderful events.

高中生四月一日君寻（福山润 配音），有着异于常人的体质，他可以看到并且吸引各种鬼怪。他的好友百目鬼（中井和哉 配音）也是特殊能力者，有驱除妖魔的能力。在命运的牵引下，四月一日在壹原侑子（大原沙耶香 配音）的店里打工。这是一家可以帮人实现任何愿望的店，但是委托人必须付出对等代价。不久后，四月一日结识了一个少女灵能力者，五月七日小羽。 一天夜里，百目鬼的爷爷遥先生进入四月一日的梦中，委托四月一日帮自己找五件东西。因此四月一日便来到了百目鬼家中，和百目鬼一同到仓库处寻找“书虫”。他们在寻找的过程，遇到各种怪事，这一切究竟是现实，还是梦境…… 曾经的四月一日总是独自一人，然而他发现，经历了这一切之后，不仅自己发生了变化，身边的人也发生了改变。

在沙漠城市玖楼国，少年小狼多年前，跟随养父考古家藤隆来到这国家，希望发掘该国的翼形遗迹，以解开玖楼国的历史之谜。小狼因此认识了玖楼国中的各人，包括与他青梅竹马的小樱公主。二人一直互相心仪，但小狼碍于身份问题，一直不敢表白。藤隆辞世后，小狼继承父亲遗志，继续挖掘和研究工作。为了拯救小樱，小狼带着小樱与新结识的法伊和黑钢踏上了在不同次元甚至不同时间寻找羽毛的征程，而飞王也在密切关注着事情的进展。只是主人公四人不会想到，这一切的一切，都是一个巨大的阴谋。