十七岁的桐山零（河西健吾 配音）是一名将棋棋士，悲惨的童年遭遇让他自幼便失去了家人，这么多年来一直背负着沉重的记忆独自生活，长此以往，零已经习惯了压抑自己的感情，在心房周围筑起了无法撼动的高墙。
某日，零邂逅了川本家的三姐妹——温柔体贴，擅长照顾他人的大姐川本明里（茅野爱衣 配音）、个性开朗乐观，非常不擅长料理家事的二姐川本日向（花泽香菜 配音）和还在上托儿所稚气未脱的小妹川本桃（久野美咲 配音）。三姐妹的出现让零再度感受到了家的温暖，找回了久违的快乐。与此同时，二海堂晴信（冈本信彦 配音）、三角龙雪（杉田智和 配音）和松本一砂（本村昂 配音）等强劲对手的出现，亦令零燃起了对将棋的热爱于斗志。

如月伸太郎，因为居住在其电脑中的电脑少女Ene恶作剧而使键盘及鼠标故障，为了添购替代品而中止长达两年的自宅守备任务，与Ene一同出门，不巧在百货公司被卷入恐怖份子策划的事件。

另一方面，如月伸太郎的妹妹人气偶像如月桃也正处于逃避疯狂人群的窘境，碰巧遇上拥有遮蔽目光能力的目隐团团长木户蕾。因为自己吸引目光的能力而苦恼的如月桃，认为木户蕾有能力治疗自己的体质而加入目隐团。由于小樱茉莉的失手使如月桃的手机故障，木户使用能力协同几人前往百货公司，正巧遇上事件，然后如月伸太郎就加入了目隐团......

在“香兰堂”古董店打工的美术院学生仓桥永莉，被古老雕花玻璃杯中映出的金发碧眼的可爱少女吸引，秘密地享受着与这非人幻象邂逅的愉悦。香兰堂位于善导寺商店街地中心，那里出入的都是年轻美丽的女性，然而仓桥却没有任何兴趣，只是迷恋着玻璃杯中的少女。
第七天的夜里，在雕花玻璃杯里，永莉看见了自己将少女杀害的幻象。
然后，从玻璃杯中溢出鲜血，少女的幻象实体化，迫使永莉定下契约。这个名叫“柯婕特”的少女，要求永莉救出自己在“被诅咒器皿”中徘徊的灵魂。“喝下去，如果不想分离……如果不想失去我”，永莉被柯婕特强迫，喝下玻璃杯中鲜血定下“血之契约”。
过了一夜，醒来的永莉已经不能再看到玻璃杯中的柯婕特的身影，于是把这一切当作是梦，重新振作，将玻璃杯卖给了暴发户的富豪。然而，去富豪家中交货时，在那里永莉看见了实体化的柯婕特。回到家中，永莉抑止不住想见柯婕特的心情，再次来到富豪的家中，然而在那里的是已变成尸体的富豪及其情人......
目击柯婕特临死状态的“被诅咒器皿”中的玻璃杯，吸取了富豪他们的鲜血，杀死了他们。之后，这个玻璃杯的怨念附在永莉身上，想要夺其性命......

Following Madoka's rewriting of the universe, sacrificing herself and her happy normal days to save all magical girls from the cruel fate that awaited them by wiping witches out of existence, the despair still manifest into creatures known as nightmares. Magical girl Homura Akemi continues to fight alone in the hope that she will be able to see Madoka smile again.

Madoka Kaname, an ordinary middle-schooler, along with her best friend Sayaka Miki, are offered the chance to have any wish they want granted by the mysterious Kyubey, and become magical girls and fight witches. However, fellow magical girl Homura Akemi seems intent on stopping Madoka from becoming a magical girl at any cost. Puella Magi Madoka Magica the Movie Part I: Beginnings is a retelling of the first half of the TV anime series.

As the young girls have discovered the truth about the cruel fate of a magical girl, one magical girl after another is destroyed. Throughout it all, there is one magical girl who continues to fight alone - Homura Akemi. Puella Magi Madoka Magica the Movie Part II: Eternal is a retelling of the second half of the TV anime series.

The story centers on Koyomi Araragi, a third year high school student who has recently survived a vampire attack, and finds himself mixed up with all kinds of apparitions: gods, ghosts, myths, and spirits.