名作SFアニメ「宇宙戦艦ヤマト」を新たなスタッフで描くTVシリーズ「宇宙戦艦ヤマト2199」全26話を、映画館で上映する全七章の第三章（第7～10話）。太陽系を脱し、外宇宙への航海に乗り出したヤマトだったが、冥王星基地を破壊されたシュルツの追跡や、敵の総統デスラーが公案した作戦により、絶体絶命の危機に追い込まれていく。ガミラスとの接触など旧作にはなかったオリジナルストーリーも展開。

Earth. The not too distant future. A city is miraculously reborn just sixteen years after being completely destroyed by a giant meteor. At the prestigious Graviton High School for Girls, two new students are introduced. A-ko and her ditzy sidekick, C-ko.