2199 AD. Yamato tried to leave behind the Large Magellanic Cloud galaxy, after receiving a "Cosmo Reverse System" at its destination, Iscandar. However, suddenly, it encounters a mysterious group at the edge of the Large Magellanic Cloud. The crew finds out that the group is called the "Gatlantis," and that its leader is the Gutaba expeditionary force commander who calls himself "Goran Dagaamu of Thunder." The commander demands that Yamato be handed over to him. Yamato, wanting to hurry to Earth, escapes the fray. However, Yamato is attacked by a devastating beam weapon called the "Flame Direct Attack Cannon" that can transcend space.

在被埋于第十一号行星的岩块中的大和号头上，不计其数的加特兰蒂斯增员舰队到达。
在波动炮被封印的如今，大和号无计可施。在犹豫的最后，古代所选择的道路是——。
无法对不断陷于苦难的古代坐视不管而密航于大和号的雪的出现，仍未能使事态有所好转。
不得不降落于修特拉巴杰行星的大和号，遭到两个巨大陷阱的袭击。
在卡米拉斯促成革命的叛军，为何会像是等候多时一般袭击修特拉巴杰呢。
在这场混乱当中，古代在阿凯里亚斯文明的遗迹中，与体现了加特兰蒂斯意志的男人面对面。
述说作为宇宙真理的绝对之“爱”的男人，
说着“展现出你的爱吧”，逼迫古代做出令人恐惧的选择——！？

《宇宙战舰大和号2199》的续集第四章《宇宙战舰大和号 爱的战士们 第四章 天命篇》确定将于2018年1月27日上映。

围绕“大和”与“缘”的人们的故事，即将迎来新的局面。
到达传说的行星特雷萨特的大和号，等着他们的不只有女神特蕾莎而已。
在古代等人的面前出现的是因缘的对手——曾经的仇敌德斯拉。大和号与集合了卡米拉斯旧体制派的德斯拉舰队交战。
此时，赶往古代等人身边的奇曼采取的惊人行动是——。
另一方面，新的萨贝拉在加特兰蒂斯觉醒，正式的地球侵略作战终于开始。
企图歼灭各种文明、生命的加特兰蒂斯，与以旗舰安德洛墨达为中心的波动炮舰队激烈冲突。
沉睡在巨大白色彗星深处的都市帝国的真正姿态是？以及由佐达提出的新的恶魔的选择……
最后五分钟——伴着眼泪，你将目睹冲击性的结局。

名作SFアニメ「宇宙戦艦ヤマト」を新たなスタッフで描くTVシリーズ「宇宙戦艦ヤマト2199」全26話を、映画館で上映する全七章の第三章（第7～10話）。太陽系を脱し、外宇宙への航海に乗り出したヤマトだったが、冥王星基地を破壊されたシュルツの追跡や、敵の総統デスラーが公案した作戦により、絶体絶命の危機に追い込まれていく。ガミラスとの接触など旧作にはなかったオリジナルストーリーも展開。