笑脸男事件结束后，公安9课新的敌人是自称“个人的11人”的反政府武装组织。在其计划周密的犯罪背后，牵扯的战争难民问题更令整个社会的矛盾激化。面对政府与犯罪分子带来的压力，草薙素子再次带领公安9课出动。

自古妖魔侵入人类的世界，化作人形并以吞食人类的内脏为生，对妖魔束手无策的人类唯有求助于身背巨剑的女性战士们。因为战士们是由于体内混合了妖魔的血肉才得到超人的力量，所以人类同样将她们视为异类，一方面依靠着她们斩杀妖魔，一方面畏惧并排斥着她们，并将她们称为“Claymore（大剑）”。 当妖魔的出现打破了一个普通山村的平静生活，万般无奈的村长只好求助于大剑组织。一位面容冷酷的战士接受委托来到这里，由此拉开了这场波澜壮阔的故事序幕。